山东中医药大学针灸研究所前身是20世纪80年代初成立的针灸研究室，至今已有近40年的历史。学校整体搬迁到长清区大学城后，在武继彪书记、高树中校长的大力支持下，在中国中医科学院针灸研究所原所长、我校特聘专家朱兵教授指导下，投入2千万元的设备、科研经费于2018年进行了重建。

研究所规划建筑面积2470平方米、编制30人，下设9个实验室：包括6个生理实验室、1个神经生物学实验室、1个免疫调节实验室、1个分子生物学实验室，以及与不同研究方向相匹配的4个研究室（腧穴作用规律研究室、针刺调节规律研究室、针刺作用机制研究室、全息微针穴位系统研究中心等）。系统中医学研究所与针灸研究所合属办公。

本所致力于以“神经-内分泌-免疫网络理论”与“针刺作用四大规律”为核心的现代针灸学研究。主要方向有：（1）腧穴作用规律研究，包括腧穴特异性规律研究、腧穴配伍规律研究；（2）针刺调节规律研究，包括针刺双向调节规律研究、针刺作用时效规律研究、针刺时机作用规律研究等；（3）针刺作用机制研究，包括针刺调节及针刺镇痛的神经生理学机制研究、免疫学机制研究、分子生物学机制研究等；（4）以耳穴为代表的全息穴位系统的本质及其诊疗规律与机制；（5）针刺调节作用的系统科学原理研究等。